El 10 de octubre de 1988 Juan Pujol García murió en Caracas a consecuencia de un derrame cerebral.
No recibió ningún tipo de homenaje ni en Venezuela, ni en Gran Bretaña ni en España.
En su tumba, en Choroní, solo puede leerse Juan Pujol García 14-02-12 10-10-88 Rdo. de su esposa, hijos y nietos.